U každé nové generace se chovatelé ptají : „Jak mohu pokračovat ve své linii a jak ji mohu zlepšovat?“. Kromě selekce na vzhled, chování a obecně na zdraví musí chovatelé zvážit jak se zaměří na snížení výskytu jakýchkoliv genetických chorob, které se vyskytují v jejich plemeni. Neexistují odpovědi, které by se hodily na každou situaci. Existují však směrnice jak ochránit chovné linie a genetickou diverzitu při snížení rizika narození zvířat, která nesou defektní geny, nebo která jsou postižena genetickými defekty.

Autosomální genetické choroby

V případě jednoduché autosomální recesivní choroby (jinými slovy choroby způsobené jedním recesivním genem který není vázaný na pohlaví) pro nějž je dostupný genetický test schopný identifikovat nositele se doporučuje testovat chovnou základnu a pářit nositele s normálně testovanými zvířaty. Snahou je nahradit chovné zvíře nesoucí recesivní vlohu s normálně testovaným potomstvem, které je rodiči rovno nebo ho převyšuje kvalitou. Nechcete snižovat plemennou diverzitu eliminací kvalitních zvířat z genpoolu protože jsou nositeli. Jakmile každý chovatel testuje a nahradí zvířata nesoucí recesivní vlohu negativně testovanými zvířaty, problémem pro plemeno je celkové snížení diverzity.

V budoucnu některé choroby mohou mít testy nositelů (linkage-based carrier tests), které mohou vytvářet malé procento falešně negativních a falešně pozitivních výsledků. Když budeme používat tyto testy k chovným rozhodnutím, je vhodné nejprve zjistit zdali výsledky korelují s výsledky testů a známými genotypy příbuzných.

Pokud máme co do činění s jednouchou autosomálně recesivní poruchou, pro níž neexistuje žádný test nositelů, musí chovatelé posoudit, zdali každé jednotlivé zvíře v jejich chovném programu představuje vysoké riziko, že je nositelem. Toto vyžaduje znalosti o nositelích nebo stavu postižených blízkých příbuzných v rodokmenu. Otevřené zdravotní registry, které jsou podporovány chovatelskými asociacemi, chovatelům usnadňují objektivně posoudit tyto záležitosti. Tím, že určí průměrné riziko nositelů pro chovnou populaci, mohou chovatelé vybírat páření, která mají plánované riziko nižší, než je plemenný průměr.

Pokud chováme zvíře, u něhož je velké riziko, že je nositelem, nejlepší radou je připářit ho s jedincem, který má toto riziko nízké. To významně sníží pravděpodobnost, že se narodí postižená zvířata a může snížit až na polovinu riziko, že budou existovat nositelé mezi potomstvem. Pokud použijeme posouzení relativného rizika jako nástroj, chovatelé by mohli nahradit zvířata představující vysoké riziko jejich potomstvem, které představuje nižší riziko a které je kvalitou stejné nebo lepší než jejich rodiče. Posouzení relativního rizika umožňuje pokračování linií, které by jinak mohly zaniknout díky vysokému riziku výskytu nositelů.

Páření jedince pouze jednou a jeho nahrazení potomstvem dovoluje chovatelům zlepšovat jejich šance dostat se z dosahu defektních genů a také omezit jejich šíření. Když máme co do činění s chorobami, u kterých nemůže být identifikován nositel, počet potomstva, které jde do chovu by měl být minimální.

Autosomálně dominantní choroby

Autosomálně dominantní genetické choroby se dají poměrně dobře zvládnout. Každé postižené zvíře má nejméně jednoho postiženého rodiče, ale dá se očekávat, že polovina potomstva postiženého zvířete nebude nést defektní gen. U chorob, které způsobují smrt nebo bolest se doporučuje nechovat postižená zvířata. Abychom dosáhli další generace v linii mohou být spářeni plní normální sourozenci postiženého zvířete nebo normální rodič.

Pokud má defektní gen v genpoolu vysokou frekvenci, vyřazení všech chovných zvířat by mohlo mít významný negativní dopad na genetickou diverzitu. V tomto případě by některá kvalitní postižená zvířata mohla být použita v chovu a nahrazena normálně testovaným potomstvem.

Problémem u některých autosomálně dominantních chorob je nekompletní penetrance, kdy některá zvířata s defektním genem nemusí vykazovat chorobu. Avšak zhruba polovina jejich potomstva může být postižená. Pokud je k dispozici genetický test, není to problém. Jinak by posouzení relativního rizika mohlo identifikovat, která zvířata jsou rizikovými nositeli nekompletně penetrujících dominantních genů.

Choroby vázané na pohlaví

Pro recesivní defektní geny vázané na pohlaví (známé jako x-linked) pro které existuje test nositelů by se chovatelé měli řídit touže radou : „odchovej a nahraď“ jak je nastíněna v předchozí diskuzi o autosomálních recesivních chorobách. Pokud neexistuje test, defektní gen může být nesen v plemeni po generace. Pokud je postižen samec, mohl by dostat defektní gen od své matky, která je nositelkou. Všechny jeho dcery budou nositelkami, ale žádný z jeho synů. Použitím posouzení relativního rizika při jeho páření se samicí, která představuje nižší riziko, že je nositelkou, můžete předejít narození postiženého potomstva a vybrat kvalitního syna pro jeho nahrazení.

Existují vzácné případy u kterých je samice postižena chorobou vázanou na pohlaví. V takových případech mohla obdržet defektní gen od obou rodičů, konkrétně od postiženého otce a matky která je buď nositelkou nebo je sama postižená. Pokud je postižená samice vpuštěna do chovu, budou postiženi všichni její synové a všechny její dcery budou nositelkami, takže je evidentní, že postižené samice by neměly být používány v chovu. Normální sameček, který je sourozencem postižené samičky však by byl schopen stát se pokračovatelem linie bez toho, aby předával defektní gen.

S dominantními chorobami vázanými na pohlaví se zachází stejným způsobem jako s autosomálními dominantními chorobami. Rozdílem je, že postižený samec bude vždy produkovat postižené dcery.

Polygenetické choroby

Polygenetické choroby jsou ty, které jsou způsobeny více než jedním párem genů. Pro většinu polygenetických chorob neexistují testy nositelů, ale existují fenotypické testy, které mohou identifikovat postižené jedince.

U polygenetických chorob se musí kombinovat množství genů, aby by překročen práh a došlo k narození postiženého jedince. Jsou známé jako nevýhodné ( liability genes) geny. V identifikaci , zdali jednotlivec nese defektní geny pro polygenetickou chorobu je důležitější šíře rodokmenu (což znamená posouzení všech sourozenců jedince v rodokmenu) než jeho hloubka (porovnání pouze vztahu rodičů potomstva). U klinicky normální mainské mývalí kočky z vrhu, kde nebyla žádná kočka postižená  dysplazií kyčle (což je polygenetická choroba) se očekává, že nese nižší množství nevýhodných genů než u kočky s množstvím postižených sourozenců. To je důvod, proč je důležité vyšetřovat jak mazlíčky, tak chovná zvířata z vašich vrhů na polygenetické choroby. Informace o sourozencích rodičů potenciálních chovných zvířat poskytují doplňková data na kterých můžete založit svá chovná rozhodnutí.

S genetickými chorobami bez známého modelu dědičnosti by se mělo zacházet jako s polygenetickými chorobami. Pokud jev širokém rodokmenu více generací normálních zvířat, dává vám to určitou jistotu, že zde existuje méně rizika přítomnosti nevhodných genů. Pokud je u jedince diagnostikována genetická choroba, měl by být nahrazen normálním sourozencem nebo rodičem a tento následně pářen s partnerem, jehož riziko, že nese nevhodné geny je nízké. Nahraďte rodiče s vysokým rizikem potomkem s nízkým rizikem, který je mu roven nebo ho převyšuje v dalších aspektech a opakujte proces.

Genetické testy jsou mimořádně účinnými nástroji k pomoci v zacházení s genetickými chorobami. Dokonce i když neexistuje test nebo známý model dědičnosti, stále lze učinit mnoho ke snížení výskytu postižených zvířat a nositelů. Použití těchto směrnic může být nápomocno chovatelům při objektivních chovných rozhodováních pro zacházení s genetickými chorobami, když pokračují ve svých chovných liniích.